Poeta, periodista, abogado y político, nació en Santo Domingo el 27 de abril de 1845. Estudió en el Seminario de Santo Domingo y completó su educación en dicha institución bajo la dirección del presbítero Fernando Arturo de Meriño. La primera poesía que compuso fue un soneto a su maestro Monseñor de Meriño quien había sido desterrado por Pedro Santana.
Desde muy joven se dedicó a la poesía y comenzó a ganar prestigio cuando todavía un adolescente de dieciséis años, dio a conocer un soneto de carácter político en el que rechazaba la anexión de la República Dominicana a España.
Fue desterrado a Venezuela por Buenaventura Báez y regresó al país después del triunfo de la Revolución del 23 de noviembre de 1873. En 1877 publica Fantasía Indígena, colección de composiciones en versos en la que figuraban sus páginas líricas más notables.
Fue Oficial Mayor del Ministerio de lo Interior; Ministro de Relaciones Exteriores; Diputado al Soberano Congreso Nacional; Miembro de la Asamblea Constituyente; Ministro de Justicia, Fomento e Instrucción Pública y Magistrado de la Suprema Corte de Justicia. Colaboró con El Nacional (órgano de la sociedad La República), El hogar, La Revista Ilustrada, Letras y Ciencias y en los Lunes del Listín. Dirigió los periódicos La Gaceta Oficial, Eco de la Opinión y El porvenir.
En 1884, siendo Ministro de Justicia, Fomento e Instrucción Pública, intentó poner en práctica varias iniciativas a favor de la enseñanza: como el proyecto sobre la creación de escuelas ambulantes en las secciones más pobladas del país, proyecto que fracasó por la renuncia del presidente Francisco Javier Billini en 1884.
Su nombre está íntimamente vinculado a la reforma educativa. Presidió los primeros exámenes que se realizaron en la escuela normal de Santo Domingo para poner a prueba el sistema educacional de Hostos y presidió la investidura de los primeros normalistas del país.
Es el máximo representante del romanticismo poético dominicano y una figura destacada del movimiento indigenista en América Latina. El rasgo más notorio de la obra poética de José Joaquín Pérez es el indigenismo, pues basándose en tradiciones, leyendas e informaciones históricas relacionadas con los primitivos habitantes de La Española, escribió interesantísimas páginas acerca del desdichado destino de la raza taína luego de la llegada de los colonizadores.
Sus coetáneos y las generaciones posteriores le han reconocido como "El cantor de la raza indígena".
Murió en Santo Domingo el 6 de abril de 1900.
Contornos y Relieves (1875), Fantasías indígenas (1877), Versiones del poeta inglés Thomas Moore (1871-96), Poesías varias (1896-1900).
Areíto de las Vírgenes de Marién
Ecos del destierro
El junco verde
La vuelta al hogar
